Parce que les systèmes matriciels et l'organisation fonctionnelle ont des avantages et des inconvénients distincts, il est important de choisir celui qui est le mieux adapté à une organisation particulière. Les entreprises qui sont simplement intéressés par l'efficacité et non l'innovation, tels que les fabricants de produits de base, doivent utiliser le formulaire de l'organisation fonctionnelle, car il permettra d'accroître l'efficacité et d'éviter toute confusion. Les organisations qui ont besoin d'être innovant, cependant, sont mieux de choisir une forme de matrice, car elle permet de plus le partage des connaissances et la coopération entre les divisions, ce qui peut conduire à des développements plus créatives.