Une fois les contributions ont été apportées à un IRA SEP, les investissements au sein de l'IRA SEP poussent à impôt différé, et aucun calcul est nécessaire jusqu'à ce que les fonds sont distribués. A la distribution, les retraits non-qualifiés sont soumises à une pénalité de 10 pour cent, tandis que les retraits qualifiés sont soumis à aucune pénalité. En général, bien que certaines exceptions, les retraits avant le titulaire du compte atteint l'âge de 59 et 1/2 sont soumises à une pénalité.
La pénalité de 10 pour cent est calculée sur le montant brut de la distribution, après l'addition des deux le produit net reçu et le montant de la retenue d'impôt fédéral et de l'État.