Les processus comptables qui utilisent des revues et livres papier ou des outils semblables exige du temps abondante pour accomplir des tâches. Comptables devront localiser comptes et revues dans le système avant les entrées d'enregistrement. Vérification des soldes de comptes et examen de l'information est également difficile. Les comptables peuvent aussi avoir besoin de fouiller dans plusieurs documents pour trouver l'information demandée par les dirigeants. Copier cette information peut aussi être difficile.
Des erreurs peuvent être très fréquents dans les processus manuels de comptabilité. Les erreurs courantes sont la saisie des informations sur des comptes incorrects, la transposition de chiffres ou de l'enregistrement des informations en arrière. Bien que ces erreurs sont également dans les systèmes modernes de comptabilité, systèmes manuels ont pas de freins et contrepoids internes. Comptables erreurs recherchent souvent passer plusieurs heures pour localiser et entrées correctes. Plusieurs comptables travaillant dans plusieurs registres comptables manuelles peuvent exacerber ces problèmes.
Un manque de sécurité est un autre inconvénient commun à la comptabilité manuelle. Les sociétés peuvent être incapables d'empêcher les employés de l'examen des données sensibles dans des grands livres et de revues papier. Les fichiers copiés et stockés sur un ordinateur peuvent aussi être moins sécurisé. Cela peut permettre aux employés d'abuser de l'information financière par fraude ou détournement de fonds. Des employés mécontents peuvent également endommager irrémédiablement l'information et de détruire les documents financiers importants.
Les grandes organisations trouvent souvent manuel de comptabilité difficile en raison de l'absence de plusieurs livres et de revues. La plupart des entreprises auront une revue pour les comptes créditeurs, les comptes, paie, immobilisations débiteurs et ainsi de suite. Cela signifie qu'un seul comptable peut travailler sur un journal à un moment donné. La séparation de ces livres en livres auxiliaires peut entraîner moins de sécurité et la possibilité de dupliquer l'information dans le système de comptabilité.