Combinant des systèmes de comptabilisation des coûts standard avec les systèmes de traitement des coûts a aussi quelques inconvénients. Tout d'abord, alors que les changements de coûts réels peuvent survenir au cours de l'année, le coût standard reste la même. Ceci augmente la variance rapporté pendant le reste de l'année. Deuxièmement, si la variance totale change très peu, le gestionnaire pourrait ne pas enquêter plus. Toutefois, si le coût de la matière a considérablement augmenté et le coût du travail a diminué de manière significative, le gestionnaire doit vérifier ces changements, même si l'impact sur la variance totale est minime.