Les micro-organismes trouvés dans les eaux usées proviennent de deux sources - sols et des déchets sanitaires. Un millilitre des eaux usées contient généralement entre 100.000 et 1 million de micro-organismes, selon le site Mountain Empire Community College. Alors que la plupart de ces organismes, tels que les différents types de bactéries, jouent un rôle essentiel dans la décomposition des déchets et sont considérés comme une partie intégrante de la matière organique, certains sont pathogènes, ou porteurs de maladies, et constituent une menace pour la santé publique.