La biorestauration est le processus de nettoyage de la pollution en utilisant des organismes vivants à la place de détergents ou de méthodes de collecte. Les microbes sont utiles dans ce domaine, car ils peuvent cibler un large éventail de types de pollution. Certains microbes sont déjà en usage dans la résolution des problèmes de pollution, en plus d'espèces de micro-organismes sont à l'étude.