Substrat qui est polluée par les pluies acides perd nutriments tels que le calcium, le potassium et le magnésium. Cette situation est encore aggravée par les acides en provoquant l'aluminium se déplacer plus librement à travers le sol, endommager les racines et en limitant l'absorption des nutriments.
L'acidité du sol accrue rend aussi plus difficile pour la germination des graines et des micro-organismes bénéfiques du sol pour survivre. Le résultat est retard de croissance des arbres et des plantes existantes ainsi que l'inhibition de la nouvelle croissance, selon le site Géographie physique. Il ajoute que les arbres et les plantes deviennent alors "plus vulnérables aux maladies, des insectes, des sécheresses et des gelées."