Méthodes pour contrôler hydrilla tous ont leurs inconvénients. Les herbicides peuvent être toxiques pour la faune et de limiter l'usage récréatif. De grandes quantités de mourir la végétation consomment de l'oxygène précieux que les poissons ont besoin pour survivre. La carpe herbivore, spécialement élevés à consommer des mauvaises herbes nuisibles, ne peut échapper à manger des plantes souhaitables et des contrôles mécaniques et sont fastidieux et coûteux.
La responsabilité du contrôle des hydrilla incombe à l'utilisateur de loisir. Bateaux et autres véhicules récréatifs à l'eau, y compris les remorques de bateaux, doivent être soigneusement inspectés quand ils quittent un hydrilla infesté voie navigable. Aussi, les amateurs d'aquariophilie ne doivent jamais relâcher plantes d'aquarium ou des poissons dans l'eau ouverte.
Une autre méthode, moins fréquente de commande est utilisée lorsque les niveaux d'eau peuvent être abaissés en hiver. Cela permet à froid pour sécher et geler les rhizomes enracinées dans la boue autour de quais, les quais de pêche et des zones de baignade.