Bien que le mâle et la femelle chromosome Y chromosome X diffèrent par la taille, ils varient également dans le nombre de gènes sur le chromosome de travail. Le chromosome X contient plus de 1000 gènes de travail, et le chromosome Y a moins de 100 gènes de travail. Bien que les mâles ont un chromosome X, il se comporte très différemment quand il ya un autre chromosome X présente par rapport à son comportement quand un chromosome Y est présent. Parmi les gènes de travail sur le chromosome X, 200 à 300 sont uniques au sexe, de sorte que 700 à 800 des gènes de travail sont partagés et active dans les deux mâles et les femelles.
La taille réelle des chromosomes diffère entre les mâles et les femelles. Plusieurs paires de chromosomes chez les hommes ont été trouvés à être plus grands que ceux des femelles lorsque les chromosomes de moutons ont été étudiés. Les différences dans la taille des chromosomes peuvent être clé pour expliquer certaines différences entre les sexes qui ne sont pas expliqués par le chromosome X ou Y.
Certaines espèces, comme les lézards, les papillons, les oiseaux et les vers plats, ont des gènes de détermination sexuelle que X et Y. Ces gènes sont Z et W. Le génotype ZZ produit des hommes, et de la ZW produit des femelles. La détermination du sexe dans certains de ces espèces est dirigé par la température. Les températures élevées ont été connus dicter le sexe de l'animal. Par exemple, les températures élevées d'incubation des œufs de crocodiles favorise masculins, ZZ, génotypes. Cependant, dans de nombreux lézards et des tortues, des températures d'incubation élevées favorisent la femelle, ZW, le génotype.
Il existe plusieurs syndromes qui créent sexe anomalies de différenciation. Femmes ayant un seul chromosome X ont un syndrome de Turner, et si la jeune fille survit naissance, elle connaîtra une croissance anormale et être très petite, avec des plis supplémentaires de peau sur le cou. Syndrome Triple X se produit chez les femmes avec un chromosome X supplémentaire. Elles sont connues comme des super femelles et ont tendance à être semblables aux femelles avec deux chromosomes X. Les hommes qui sont nés avec deux chromosomes X et un chromosome Y ont le syndrome de Klinefelter. Ces hommes ont tendance à être très féminine et peuvent même avoir des voix aiguës. Syndrome XYY se produit lorsque les hommes ont un chromosome Y supplémentaire. Elles sont connues comme des super hommes et ont tendance à produire beaucoup plus de testostérone que les hommes typiques.