À bien des égards, protozoaires et les algues sont similaires. En termes biologiques, ils appartiennent à la même royaume. Ils sont tous deux constitués de cellules eucaryotes, ce qui signifie qu'ils ont un noyau lié à la membrane et d'autres structures cellulaires de base. Cependant, leur méthode d'obtention de l'énergie, comme tous les organismes doivent, est très différente et est la différence fondamentale entre ces deux types d'organismes.