Les algues vertes des plantes et, en même temps que les animaux et les champignons, ne appartiennent au même domaine, Eukarya, par opposition aux deux domaines bactériennes. Ceci, cependant, est l'endroit où la relation se termine. Eukarya contient quatre royaumes: plantes, les champignons, les animaux et protoctists. Les plantes vertes appartiennent au règne Plantae, distingué par, entre autres choses, parois cellulaires, multi-cellularité et l'immobilité. Les algues font partie de Protoctista ou protistes, un groupe diversifié qui comprend, essentiellement, tous les eucaryotes qui ne sont pas des animaux, des plantes ou des champignons, y compris les amibes et les nombreux organismes planctoniques. Il existe plusieurs groupes d'algues, et ils ne sont pas particulièrement étroitement liées.