La large disponibilité et le prix relativement bas des ammonium quaternaire est l'un de ses plus grands avantages. Le désinfectant peut être acheté sous forme concentrée à diluer au besoin, sous forme lingette jetable vrac taille prêt à utiliser des bouteilles pré-dilué et même dans.
Un des avantages de désinfectants d'ammonium quaternaire est qu'ils ne nuisent pas les vêtements et les tapis de la façon dont l'eau de Javel fait. Ils sont également non corrosif pour les tuyaux métalliques et autres surfaces, un autre avantage sur l'eau de Javel. Bien que dans sa forme diluée ammonium quaternaire est considéré comme suffisamment sûr à utiliser sans précautions extraordinaires comme des masques, des lunettes et des gants, INCHEM avertit qu'il peut causer des brûlures à la peau et des muqueuses dans sa forme non diluée.
Lorsque ammonium quaternaire est mélangé avec de la matière organique, il perd de son efficacité. Cela en fait un désinfectant inefficaces dans les situations où le sang, l'urine, les matières fécales ou de la terre peuvent être présents. Pour cette raison, il est utilisé uniquement sur des surfaces non critiques comme les planchers et les rampes dans les hôpitaux de la place sur les surfaces critiques tels que les instruments qui peuvent venir en contact avec la peau cassée. L'eau dure est aussi une préoccupation et doit être testé avant d'utiliser un ammonium quaternaire comme désinfectant, car il perd de son efficacité dans la solution avec de l'eau dure. Chiffons en coton ou d'autres matières organiques ne devraient pas être utilisés pour diffuser le désinfectant, car ils diminuent son efficacité.
Début des désinfectants d'ammonium quaternaire étaient tous inefficaces à tuer les bactéries gram-négatives telles que E. coli et Salmonella. Ceci est une des raisons que les scientifiques ont continué à se développer et tester de nouvelles versions de ammonium quaternaire. Bien qu'une étude réalisée en 1999 par le ministère de la santé animale a trouvé le succès avec la N-duopropenide contre certains organismes à Gram négatif, les progrès ont été limités et désinfectants d'ammonium quaternaire ne doit pas être invoquée pour tuer les bactéries gram-négatives, sauf si spécifiquement certifié pour le faire.