Les experts affirment que la contamination de l'eau ou de la pollution est le plus grand facteur qui affecte la vie marine. Cette contamination peut provenir de sources diverses, y compris les matières radioactives, l'huile, l'excès de nutriments et de sédiments. Plusieurs fois, des matières radioactives vient sous la forme de déchets industriels et militaires au rebut ou de débris atmosphérique. Ces substances peuvent causer des maladies directement à la vie marine ou indirectement en entrant une chaîne alimentaire qui affecte négativement les organismes au sein de la chaîne. Le deuxième plus grand pollueur de l'océan provient de ressources terrestres telles que Véhicules- Toutefois, la majorité de la pollution par les hydrocarbures de la mer vient de pétroliers et des opérations de transport. Même si la contamination de l'huile a diminué de plus de 50 pour cent depuis 1981, il est encore un problème qui nécessite une surveillance constante et la réglementation. En plus de causer la maladie, la pollution pétrolière est connu pour tuer la vie marine allant de larves à des animaux plus gros.
Un excès de nutriments (tels que les oxydes d'azote) proviennent d'eaux usées et les résidus provenant de centrales électriques et de l'utilisation des terres (agriculture et la sylviculture). Ces contaminants aéroportés ou terrestres se nourrissent d'algues qui libère fleurs toxines et épuise l'oxygène de l'eau de mer. Cela tue les diverses formes de vie marine, y compris les plantes et les poissons. L'érosion de l'exploitation minière, le dragage côtier et l'utilisation des terres formes sédiments qui inhibe la photosynthèse chez les plantes marines, obstrue les branchies des poissons et endommage gravement les écosystèmes. Sédiments est également un support de nutriments et de l'excès de toxines.