Dans la plupart des égards, le Kindle est compatible avec Linux. Les utilisateurs de Linux peuvent encore gérer les fichiers sur le Kindle manuellement via le cordon USB, et peut être en mesure de gérer les fichiers de musique sur leur Kindle en utilisant leur lecteur de musique. Certains convertisseurs e-book pour Linux fonctionnent parfaitement avec le Kindle, bien que l'application Kindle pour PC peut ou peut ne pas fonctionner selon votre distribution.