Dans le Sud, l'Université Marshall à Huntington, Virginie-Occidentale, offre un programme de microbiologie combiné avec la biochimie. Marshall, classé 46e sur les universités régionales du sud, adopte une approche médicale à la microbiologie, la formation des étudiants en immunologie et la génétique moléculaire. L'Université de Floride, à Gainesville, offre le plus important programme de microbiologie dans la nation. Les diplômés et les étudiants ont la possibilité de mener des recherches dans un large éventail de domaines microbiologiques, y compris la génétique moléculaire et ingénierie métabolique. L'Université de Floride, classé 48e sur les universités nationales aux États-Unis, produit également de la recherche en astrobiologie, une division de microbiologie axé sur la survie des micro-organismes dans des milieux extraterrestres.