À propos de une heure de route des ruines de Tikal, près de la ville moderne de Flores, se dresse Lago De Peten Itza, ou le lac Peten Itza. Il a obtenu son nom de la Itzas, un groupe maya qui ont peuplé la région. Le lac mesure un peu plus de 3 miles de large par environ 20 miles de long et a une profondeur de 541 pieds. Comme le lac le plus profond dans les basses terres d'Amérique centrale, il est l'objet d'étude scientifique.
Autres voies d'eau importantes sont le lac Atitlan, dans les hautes terres du Guatemala, Rio Panuco, qui se jette dans le golfe du Mexique, et Rio Usumacinta, qui traverse le Mexique et le Guatemala.